Untuk membuat suatu tanaman transgenik, pertama sekali dilakukan pengenalan atau pencarian gen yang akan menghasilkan sifat tertentu (sifat yang diingini).[2] Gen yang diinginkan dapat diambil daripada tanaman lain, haiwan, kulat, atau bakteria.[10] Setelah gen yang diinginkan diperolehi maka dilakukan pembiakan gen yang dipanggil dengan istilah pengklonan gen.[11] Pada tahap pengklonan gen, DNA asing akan dimasukkan ke dalam vektor pengklonan (agen pembawa DNA), contohnya plasmid (DNA yang digunakan untuk pemindahan gen).[12] Kemudian, vektor pengklonan akan dimasukkan ke dalam bakteria sehingga DNA boleh disalin semula seiring dengan pembiakan bakteria tersebut.[12] Apabila gen yang diinginkan telah disalin semula dalam jumlah yang cukup maka akan dilakukan pemindahan gen asing tersebut ke dalam sel tumbuhan yang berasal daripada bahagian tertentu, salah satunya adalah bahagian daun.[11] Pemindahan gen ini boleh dilakukan dengan beberapa kaedah, iaitu kaedah senjata gen, kaedah perubahan DNA yang menggunakan perantaraan bakteria Agrobacterium tumefaciens, dan elektroporasi (kaedah pemindahan DNA dengan bantuan elektrik).[11][13]

• Kaedah senjata gen atau penembakan mikro-projektil.[11] Kaedah ini sering digunakan pada spesies jagung dan padi.[11] Untuk melakukannya, senjata yang digunakan boleh menembak mikro-projektil berkelajuan tinggi ke dalam sel tumbuhan.[11] Mikro-projektil tersebut akan menghantar DNA untuk masuk ke dalam sel tumbuhan.[11] Penggunaan senjata gen memberikan hasil yang bersih dan selamat, walaupun terdapat kemungkinan berlaku kerosakan sel semasa penembakan berlangsung.[11]
• Kaedah perubahan yang menggunakan perantaraan Agrobacterium tumefaciens.[14] Bakteria Agrobacterium tumefaciens boleh menjangkiti tanaman secara semulajadi kerana mempunyai plasmid Ti, suatu vektor (pembawa DNA) untuk memasukkan gen asing.[14] Di dalam plasmid Ti terdapat gen yang mengekod sifat virulensi untuk menyebabkan penyakit tanaman tertentu.[14] Gen asing yang ingin dimasukkan ke dalam tanaman boleh dimasukkan di dalam plasmid Ti.[14] Selanjutnya, A. tumefaciens secara langsung boleh memindahkan gen pada plasmid tersebut ke dalam genom (DNA) tanaman.[14] Setelah DNA asing bergabung dengan DNA tanaman maka sifat-sifat yang diingini dapat dinyatakan tumbuhan.[14]
• Kaedah elektroporasi.[13] Dalam kaedah elektroporasi ini, sel tanaman yang akan menerima gen asing harus mengalami pelepasan dinding sel hingga menjadi protoplas (sel yang kehilangan dinding sel).[13] Selanjutnya sel diberi kejutan elektrik dengan voltan tinggi untuk membuka liang-liang membran sel tumbuhan sehingga DNA asing dapat masuk ke dalam sel dan bersatu dengan DNA kromosom tanaman.[13] Kemudian, dilakukan proses pengembalian dinding sel tanaman.[13]

Setelah proses pemindahan DNA selesai, pemilihan sel daun dilakukan untuk mendapatkan sel yang berjaya dimasukkan gen asing.[9] Hasil seleksi ditumbuhkan menjadi kalus (sekumpulan sel yang belum terbezakan) sehingga kemudiannya terbentuk akar dan tunas.[9] Apabila telah terbentuk tanaman muda (plantlet), maka dapat dilakukan pemindahan ke tanah dan sifat baru tanaman dapat diperhatikan.[9]